В структуре АО «Семейный доктор» Учебный центр появился в 2004 году. Бурный рост сети поликлиник требовал быстрой и эффективной адаптации новых сотрудников. С тех пор формировалась, непрерывно улучшаясь, компактная, сбалансированная программа обучения, помогающая новичкам быстро и безболезненно стать частью большого коллектива «Семейного доктора».
Кроме адаптации новых сотрудников Учебный центр координирует своевременное повышение квалификации штатного медицинского персонала. Врачи и средний медицинский персонал «Семейного доктора» в обязательном порядке проходят своевременное обучение в ведущих медицинских учебных заведениях Москвы. Обучение постоянных сотрудников проводится за счет организации, при этом значительная часть лекций и семинаров проводятся приглашенными преподавателями в собственных аудиториях Учебного центра в удобное для врачей время.
С 2004 года АО «Семейный доктор» является официальной клинической базой Первого Московского государственного медицинского университета имени И. М. Сеченова Министерства здравоохранения Российской Федерации (ММА им. И.М. Сеченова). В Учебном центре «Семейного доктора» проходят обучение клинические ординаторы и слушатели курсов повышения квалификации кафедры Семейной медицины ПМГМУ им. И. М. Сеченова. С 2009 года «Семейный доктор» также является клинической базой РУДН. Многие выпускники клинической ординатуры после завершения обучения остались работать в «Семейном докторе» и сделали успешную карьеру.